Кадровый ЭДО можно вести сразу в двух системах

Такая возможность прописана в статье 22.1 ТК РФ.

Информационная система работодателя должна обеспечивать подписание электронного документа, его хранение, а также фиксацию факта его получения работником и работодателем.

А можно применять одновременно две системы – «Работу в России» и систему работодателя?

Можно, ответил Минтруд в письме от 20.01.2023 № 14-6/ООГ-303.

В ТК РФ нет запрета на одновременное применение этих двух систем.